Reina Aharen, une petite étudiante à la voix faible, est assez mauvaise pour évaluer la distance et l'espace personnel. Parfois, elle est à quelques centimètres de votre visage, et d'autres fois, beaucoup trop loin ! Le seul qui essaie de comprendre ses pitreries est Raidou Matsuboshi, la personne assise à côté d'elle en classe. Il a un visage menaçant mais en réalité, c'est un gentil garçon avec une imagination parfois débordante.
Aharen-san wa Hakarenai suit ce duo particulier alors que leur étrange amitié commence à se développer lorsque Raidou ramasse la gomme de Aharen.
