Dans le Japon féodal, les jumelles mi-yôkai, mi-humaines, Towa et Setsuna sont séparées lors de l'attaque d'un yôkai. Alors qu'elle cherche désespérément sa jeune soeur, Towa se retrouve dans un mystérieux tunnel qui l'envoie dans le Japon d'aujourd'hui où elle est élevée par le frère de Kagome Higurashi, Sôta et sa famille.
